Olá Erik
A nota 1524196 que o Fernando lhe passou contém todos todos os passos em detalhes de como importar e configurar o certificado digital.
Observe que você precisa ter instalado a biblioteca SAPCryptolib; para isso veja a nota 662340.
Enfim ... o que gostaria de chamar a atenção é... Você possui 10 empresas? Ou parte são filiais? Pergunto isso pois você NÃO precisa adquirir e instalar o certificado digital para as filiais. Somente para o CNPJ raiz (empresa).
Logo, se você possui 3 empresas e 7 filiais bastaria você adquirir 3 certificados digitais.
Abraço
Eduardo Chagas